消えません。
カスタマイズはユーザーではなく組織に紐づいているため、ユーザーを組織から削除してもカスタマイズは組織に残ります。
また、カスタマイズを作成したユーザーであっても組織から削除されれば組織の情報を利用することはできず、カスタマイズを閲覧・編集することはできなくなります。
サインインしているユーザー以外が作成したカスタマイズは、ユーザーが削除されている・いないに関わらず、カスタマイズ一覧上部の右のほうにある「すべて」を選択すると確認できます。
なお、自分以外のユーザーが作成したカスタマイズについても変更は可能です。
組織から削除されたユーザーが作成したカスタマイズを閲覧・編集したい場合は、こちらからご利用ください。
また、ユーザーの削除の際などにカスタマイズのオーナーを一括で変更されたい場合は次の記事を参考にしてください。
カスタマイズのオーナー(所有者)を組織の別のメンバーに変更する方法 : gusuku support
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