gusuku Deploitの各環境に追加したアプリは、アプリ詳細画面の一番右上にあるバツアイコンをクリックすることで、削除可能です。Deploit上での削除の操作は、「gusuku Deploitの管理対象から削除する」という意味合いになります。実際のkintoneアプリは削除されませんので、影響は特にございません。