kintoneにはドメインごとに発生させることができるWebhookが1分間に60回までという制限があります。60回を超えるような更新等を行った場合は、Webhookが発生しないためJobRunnerのJobも実行されません。なお、60回を超えた場合、監査ログにエラーが記録されますのでご確認ください